说到发酵，就想起了杂菌的问题。好多时候，发酵就可能因为加注液体时，混入了杂菌，或是容器壁不清洁，从而导致杂菌太多，如大肠杆菌，发酵出来就是嗅的。从而导致了发酵的结果不好。
如何解决杂菌问题，我们下的功夫就太多了。选择合适的培养基和菌种，对添加的水进行消毒，对设备进行消毒，用罐体设备发酵等。选来选去，无数次试验之后，最后还是用了选择性的培养基，然后再对菌种进行筛选，最后达到了既使低活菌浓底，仍然可以扩培出高浓度目标菌种的目的。这就大大降低推广的门坎，所以对于养殖户来说，就可以在池塘边，只要用井水，或是自来水就可以进行发酵。
说到发酵，还有一个因素，就是水温。一般要求发酵液体的水温在28度，这样的水温发酵一至两天，就可以完成发酵，达到酸碱度3.8。但如果水温低于这个温度，那发酵的时间就会延长，如现在气温，可能要好几天才能完成发酵。有时为了缩短发酵时间，可以通过在密闭容器中，通过加热棒提高水温，为了防止局部水温过高，可以增加一个抽水泵，促进容器中的液体流转，防止局部水温过高。所以，这里如果采用了增温设备，就相应的要添加一个温控传感器，以及一个温控开关，自动调节发酵液的水温，保持恒温状态。通常，把水温设定在37，是最佳的水温，像发酵一吨的液体，在两三天内就可以完成发酵，当酸碱度达到3.8之后，如果再进一步发酵，菌体自身进一步产酸，也会导致目标菌体的死亡，所以当酸碱度达到3.8后，测得的活菌浓度最高，此时就可以停止好酵。如是在池塘边，那就可以在天亮后直接使用。
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