为了研究、管理及使用的方便，种类繁多的渔药一般按其药理性质进行分类；但是渔药的研发由于起步较晚，对其药理作用研究尚不够充分，因此目前大多数以药物性能和使用目的进行分类。大体可以分为四大类别：
1.消毒剂类：水产特有，在治疗病毒病时浓度要低。如漂白粉、高锰酸钾、甲醛等，是目前使用量最大的一类药物；
2.抗生素类：作用位点明确，是治疗细菌病的常用药物。如青霉素、土霉素、诺氟沙星等。
3.中草药类：作用机制不明确，无公害，符合食品安全，一般制成几种成分混合的中药制剂。如大黄、黄连、苦参、甘草等。
4.生物制品：疫苗、微生物制品等。目前国内只有3中疫苗批准使用，但由于疫苗特异性强、无药物残留，而备受青睐。微生物制品多用于水质调节和增强免疫力。
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