在长吻鮠的驯养研究和生产推广中，已发现的鱼病有20多种，其中细菌性鱼病6种，真菌引起的鱼病1种，原生动物引起的鱼病5种，单殖吸虫致病1种，营养性疾病3种和化学物质中毒症2种。这些病在苗种阶段较易暴发流行，造成的损失也较严重，成鱼阶段只要认真贯彻综合预防措施，一般较少患病，即使患了病，大都能够治疗。
综合预防措施有：
1.彻底整理鱼池，严格清塘消毒。
2.鱼种放养时，先用高锰酸钾溶液浸浴。
3.放养体质强壮、规格一致的无病鱼种。
4.投喂优质饲料，禁喂变质饲料，贯彻“四看”（看季节、看天气、看水质，看鱼的吃食与活动情况）、“四定”（定时、定位、定质、定量）投饲法则。
5.千方百计调节好水质，定期用生石灰、灭虫净、强氯精等药物遍洒，同时结合内服药饵；定期对食台和网箱及其周围水域消毒。
网箱养鮠预防疾病的最有效措施，就是将网箱设置在有一定风浪或有缓流条件的敞水区，放置网箱的密度不能太大，网箱内放养的鮠鱼密度也不宜太大，枯水期还要经常移动网箱。
长吻鮠对常用水产药物的忍受力远不及草鱼等传统养殖对象，所以应严格用药种类的选择和药量的称量，不能错用药物和错误称量。它对硫酸铜非常敏感，尤其需要慎用。
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